Yukiharu YABUKI の tDiary

_ [Awk] pdbを処理するプログラム、再び。

このエントリーはほぼ一人のために書いています。他の人で有用かどうかは分かりません。 PDB原子座標入力形式 バージョン 3.2 の形式を扱う awk のコード の続き 下記のようなデータを処理するawkのひな形

ATOM   1534  O   HOH D4175     -15.917  -2.349  -5.049 10.50 38.70           O  
ANISOU 1534  O   HOH D4175     9613   1110   3981    739   -737   -411       O  
ATOM   1535  O   HOH D4176     -22.395 -31.001 -14.913 11.00 42.50           O  
ANISOU 1535  O   HOH D4176     2536   4368   9243    126   -371   -647       O

任意の数字の4桁を3桁にしたいらしいので、awkのfunctionをつくっておいた。diminish_digitです。 以下、参考ソースコード。上記のデータをツッコンで実行し、エラーがないことは、Linuxで確認した。

#!/usr/bin/env awk -f
# PDB data manipulator basics (awk version)
#
# This program give you skeleton of manipulating PDB data.
# Enjoy!
#
# * How to use
# $awk -f your.awk < input.data > output.data
#  
# Author: Yukiharu YABUKI 
# License : GPL v3 
# If you don't know GPL v3 license.
# Please go to http://gplv3.fsf.org
{
    # ATOMが先頭だったときの行処理
    if ($1 ~ /^ATOM/){
        # print $0 #Debug print
        # 何カラム目か分からないので、該当するカラムでやること
        if ($2 > 1000){
            d = $2 - 1000; # 1000引くだけじゃないなら、functionを呼べ
        }
        # そのカラムでの出力処理
        printf("%3d", d);
        # データを、そのままか加工して出す
        # 最後 改行して一行おわり
        printf("\n");
    }
    # ANISOUが先頭だったときの行処理
    if($1 ~ /^ANISOU/){
        # print $0 #Debug print
        # 何カラム目か分からないので、該当するカラムでやること
        if ($2 > 1000){
            d = diminish_digit($2);
        }else{
            d = $2 - 10; # 10だけ引く
        }
        # そのカラムでの出力処理
        printf("%3d", d);
        # データを、そのままか加工して出す
        # 最後 改行して一行おわり
        printf("\n");
    }
}
# 桁を縮める
function diminish_digit(d){
    while(d > 999){
        d = d - 1000;
    }
    return d;
}