Yukiharu YABUKI の tDiary

_ 天気

はれ

_ 論文指導

していただけるとのこと、ありがたし。

_ 章立て

章立てがすすんで、うれしいが。書いた文章が雑誌の記事風なので、事実の部分についてReferを入れよという話。ああ、 、よみなおさな...

_ 和倉

提出期限、延びました。8月16日です。

_ 天気

はれ

_ 今日のpop

336通

_ memo: ＫＤＤＩ、パワードコムを合併へ・固定通信３強に

_ build.good-day.net

gcc 4.0 を導入へ

_ Debian devel

freenx --- alioth にプロジェクトができた．freenxは, Xのプログラム．

_ Debian concordance

d-d.org での Ian Murdock さんの発言．

_ gentooのグラフィカル・インストーラ

debianのインストーラとコラボできないかってはなしがd-dで．まあ，オプショナルだけどねって話．

_ SElinux and GNU/kFreeBSD or GNU/Hurd

SElinuxは，Linuxに依存なので libselinux1-dev に依存しているパッケージで，GNU/kFreeBSDや GNU/Hurd で使うパッケージは，細工がいると．

_ [Debian] Debian menu update and /usr/share/menu transition

翻訳の関係者は，要確認．Debian menu update and /usr/share/menu transition(http://lists.debian.org/debian-devel-announce/2005/06/msg00013.html) /usr/lib/menuから/usr/share/menuへの移行．

_ [Debian] BTS version tracking

BTSにversionでトラッキングが．これは便利かと(http://lists.debian.org/debian-devel-announce/2005/07/msg00010.html)

_ [Debian] Debtags reaching the Packages file

Debtags reaching the Packages file(http://lists.debian.org/debian-devel-announce/2005/07/msg00016.html)

_ 宴会

大学院での同期のお祝いに宴会へ。モンゴルがえりで、いろいろとお土産を頂いた。ウォッカのゴールドチンギスという40度のお酒も初めて見せてもらう。ひさびさに同期会みたいな感じであっという間に3時間以上過ぎていた。

_ [Debian] WATT(aka watomae)

Distribution Wide Tracker Tool(http://wiki.debian.org/DWTT)

_ [QEMU] HOWTO: Install Windows XP in Debian using QEMU

HOWTO: Install Windows XP in Debian using QEMU(http://www.hermann-uwe.de/blog/howto-install-windows-xp-in-debian-using-qemu)

_ へぇ:ユニシスさんのトップより「一仕事を終えたSEをせめて2週間くらいは休ませたい」

(http://d.hatena.ne.jp/mkusunok/20060728/unisys)

_ memo:ITプランニングの真価

ITプランニングの真価(http://opentechpress.jp/article.pl?sid=06/07/28/0246223&from=rss)

_ LL Gong

dancerj氏と、kiyoka氏が発表予定。(http://ll.jus.or.jp/2006/event/llgong)

_ Thai Fest

(http://weblog.chaocnx.com/?cid=8367)

_ 2chにIPv6板ができたそうだ。

IPv6でのみ書き込み可能、v4では閲覧のみとのこと。

_ miredo

Ernalda:~# apt-cache search miredo
miredo - Teredo IPv6 tunneling through NATs
miredo-server - Teredo IPv6 tunneling server

_ プリンター不調

がんがん葉書やA4の紙を印刷しているためなのか、だんだんとプリンターがいうことを聞かなくなってきた。センサーの当たりが悪くなっているのか、黙りから復帰するのにいろいろと振動(斜め45度チョップじゃないよ)を与えて、どこを振動させると調子が良くなるのか探ってだましだまし動かしている。

プリンターっているときに限って故障するモノだから、予備機の手配を始める時期なのかもしれず。個人的にはカラーレーザがいいような気がするが、使用電力量を考えると大丈夫なのかなと不安がよぎる。最近は Green だとか言われているので、消費電力が下がっているのかもしれないが、夏場はクーラーつけてレーザープリンター＋各人のPCが...とかなるとブレーカーが落ちそうな気がして怖いのだが。

_ yc-el for Emacs23 のパッチを集積

Emacs から canna を利用する yc-el (upstream の場所は、YC's Room(http://www.ceres.dti.ne.jp/~knak/yc.html)です。) は、未だ熱心な利用者がいる。Debian の開発版において、Emacs 22が削除され、Emacs23 が、主流となる。しかし、XEmacs 21系も引き続き利用できるので、できうるなら yc-el はEmacs23 および XEmacs 21で動かしたいというのが私の想いであった。

upstream において、Emacs 23の対応は発表されていないので、yc-elのEmacs 23用パッチをとりまとめて、動いているパッチを upstream に提供するべく、github にリポジトリを作った。

• source(http://github.com/yabuki/yc-el)tar ballも取得できる。
• wiki(http://wiki.github.com/yabuki/yc-el/)

現時点では完璧ではないが、yc-el が Emacs 23と XEmacs 21 (いずれも、Debianの開発版の上) が動いている。

動かしてみて、足りない部分があればパッチなどの、コードを送って欲しい。

_ [Awk] PDB原子座標入力形式 バージョン 3.2 の形式を扱う awk のコード

行きがかり上、awk で助けることになった。いちおう最低限のテストはやったけど、ご自分でもデバッグしてください。

10. Coordinate Section 10. 座標（Coordinate Section）

#!/usr/bin/env awk -f
# PDB data manipulator basics (awk version)
#
# This program give you skeleton of manipulating PDB data.
# Enjoy!
#
# * How to use
# $awk -f pdb_manipulate.awk < input.data > output.data
#  
# Author: Yukiharu YABUKI 
# License : GPL v3 
# If you don't know GPL v3 license.
# Please go to http://gplv3.fsf.org
#
# I got PDB data format(spec) from
#  http://homepage2.nifty.com/copper29/ipr/PDBformat.html#Coordinate
# I added padding comment.
#
#COLUMNS      DATA TYPE        FIELD      DEFINITION
#------------------------------------------------------
# 1 -  6      Record name      "ATOM    "
# 7 - 11      Integer          serial     Atom serial number.
#12                                       padding(yabuki)
#13 - 16      Atom             name       Atom name.
#17           Character        altLoc     Alternate location indicator.
#18 - 20      Residue name     resName    Residue name.
#21                                       padding(yabuki)
#22           Character        chainID    Chain identifier.
#23 - 26      Integer          resSeq     Residue sequence number.
#27           AChar            iCode      Code for insertion of residues
#28 - 30                                  padding(yabuki)
#31 - 38      Real(8.3)        x          Orthogonal coordinates for X in 
#                                         Angstroms
#39 - 46      Real(8.3)        y          Orthogonal coordinates for Y in 
#                                         Angstroms
#47 - 54      Real(8.3)        z          Orthogonal coordinates for Z in 
#                                         Angstroms
#55 - 60      Real(6.2)        occupancy  Occupancy.
#61 - 66      Real(6.2)        tempFactor Temperature factor.
#67 - 76                                  padding(yabuki)
#77 - 78      LString(2)       element    Element symbol, right-justified.
#79 - 80      LString(2)       charge     Charge on the atom.
#
#BEGIN {
#     printf("         1         2         3         4         5         6         7         8\n")
#     printf("12345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890\n")
#     printf("Welcome to the awk world\n");
#}
{
     #
     # データ切り出し
     #
     data["RecordName"] = substr($0,1,6)
     data["serial"] = substr($0,7,5)
     data["name"] = substr($0,13,4)
#     printf "|%-4.4s|\n", data["name"]
     data["altLoc"] = substr($0, 17,1)
#     printf "|%c|\n", data["altLoc"]
     data["resName"] = substr($0, 18,3)
     data["chainID"] = substr($0, 22, 1)
#     printf "|%c|\n", data["chainID"]
     data["resSeq"] = substr($0, 23, 4)
#     printf "|%4d|\n", data["resSeq"]
     data["iCode"] = substr($0, 27, 1)
#     printf "|%c|\n", data["iCode"]
     data["x"] = substr($0, 31, 8)
     data["y"] = substr($0, 39, 8)
     data["z"] = substr($0, 47, 8)
     data["occpuancy"] = substr($0, 55, 6)
     data["tmpFactor"] = substr($0, 61, 6)
     data["element"] = substr($0, 77, 2)
     data["charge"] = substr($0, 79, 2)
     #
     # 数値変換
     #
#     data["x"] = data["x"] * -1
     #
     # 出力
     #
#     print $0
     printf("%6s", data["RecordName"])
     printf("%5d", data["serial"])
     printf("%1s", " ") # padding
     printf("%-4.4s", data["name"])
     printf("%c", data["altLoc"])
     printf("%3s", data["resName"])
     printf("%1s", " ") # padding
     printf("%c", data["chainID"])
     printf("%4d", data["resSeq"])
     printf("%c", data["iCode"])
     printf("%3s", "   ") # padding
     printf("%8.3f", data["x"])
     printf("%8.3f", data["y"])
     printf("%8.3f", data["z"])
     printf("%6s", data["occpuancy"])
     printf("%6s", data["tmpFactor"])
     printf("%10s", "          ")
     printf("%2s", data["element"])
     printf("%2s", data["charge"])
     printf("\n") # 改行
}
#END
#{
#     printf("See you soon.\n");
#}